近年來Z型DNA(Z-DNA)的研究引起越來越多的關注,但在細胞中對它進行觀測還存在困難,主要是缺少一種簡便可靠的手段可以對它進行直接觀測。最近,中科院合肥研究院智能所黃青課題組與鄭州大學張鳳秋課題組合作,利用紅外光譜技術觀測并研究了染色質重塑中DNA的B-Z構象轉變,文章被Analytical Chemistry接收發表。
染色質重塑是表觀遺傳學的主要研究內容之一,它一般包括組蛋白共價修飾型或ATP(一種高能磷酸化合物)依賴型兩種類型。組蛋白共價修飾型是通過影響組蛋白與DNA雙鏈的親和性,從而改變染色質的疏松或凝結狀態;而ATP依賴型的染色質重塑是通過染色質重塑復合物來改變組蛋白與DNA的結合狀態,在靠近核心組蛋白的DNA表面建立特殊構象,從而使轉錄因子更容易靠近DNA的過程。在染色質重塑過程中,組蛋白與DNA間的相互作用將發生變化,因此可能導致DNA構象的改變。其中,Z-DNA構象可能更利于破壞核小體的結構,在啟動子處保持更為開放的染色體結構,從而促進轉錄。
為了考察細胞中染色體重塑引起的DNA構象變化,研究人員利用紅外光譜技術對細胞光譜中與DNA相關的特征峰進行仔細觀測與分析,發現通過調節染色質重塑復合物SWI / SNF中的催化亞基BRG1/BRM,可以誘導染色質重塑的發生,并由此誘發DNA的B-Z構象轉變。紅外光譜具有簡便、快速、無損檢測的特點,它可以對細胞中的生物大分子進行定性和定量分析。此前,黃青課題組應用紅外光譜成功實現了Z-DNA的表征,發現組蛋白乙酰化可引起染色質中Z-DNA轉變(Analytical Chemistry,2016, 88: 4179-4182)。在此次研究中,他們不僅利用紅外光譜技術研究了ATP依賴型染色質重塑中的DNA構象轉變,而且借助染色質免疫共沉淀技術,進一步驗證了該染色質重塑中所發生的Z-DNA構象轉變,這從另一方面也證明了紅外光譜表征Z-DNA結果的可靠性。
以上研究得到了國家自然科學基金重點項目和青年項目的資助。
文章鏈接:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.0c02432
通過傅里葉變換紅外光譜法檢測染色質重塑誘導Z-DNA構象